A Junta de Missões Nacionais(JMN) e a Junta de Missões Mundiais(JMM) são as agências que planejam, promovem e executam o projeto de ação missionária dos batistas brasileiros.  No âmbito interno, os missionários batistas  estão presentes e atuantes em grande parte dos municípios de todas as regiões do país, plantando igrejas, apoiando as já existentes e abrindo novas frentes de trabalho em campos pioneiros. Em nível internacional, os batistas brasileiros desenvolvem uma arrojada  e   relevante ação missionária em países dos cinco continentes, valendo-se de uma experiência  iniciada em  1907 e que tem servido de modelo para iniciativas implementadas por  várias outras agências do mundo. Além do trabalho  de evangelização, essas agências missionárias desempenham um papel decisivo em  diversas áreas de genuíno interesse humano, como a cultura, a educação e a ação social.